Het museum bestaat uit drie gedeelten, namelijk een gedeelte met expositieruimtes en een restaurant, een boomkwekerswoning uit 1870, ingericht naar de periode 1900-1910 en een ambachtelijke boomkwekerij, inclusief een historische kwekerijloods met oude gereedschappen en voorwerpen uit de boomkwekerij.
Deskundige rondleiders geven graag een rondleiding. Een wandeling met groepen over een zeer moderne boomkwekerij, of een rondvaart door het boskoopse kwekerijgebied worden ook verzorgd.
Het Boomkwekerijmuseum is een geregistreerd museum en dus ook toegankelijk voor mindervaliden.
